В академії створено та успішно функціонують дві наукові лабораторії, які оснащені передовим обладнанням та здійснюють науково-дослідну діяльність. Пріоритетні напрями роботи наукових лабораторій спрямовані на розвиток нових теоретичних та прикладних досліджень в транспортній галузі.
До участі в наукових дослідженнях, що проводяться в лабораторіях активно залучаються молоді вчені та курсанти академії. На базі лабораторій здійснюється виконання експериментальних досліджень в рамках науково-дослідних робіт, а також курсових та дипломних робіт курсантів.
Науково-дослідні лабораторії академії:
- Лабораторія «Розробка систем підтримки прийняття рішень, ергатичних та автоматизованих систем керування рухом судна»;
- Лабораторія при кафедрі транспортних технологій та механічної інженерії «Полімерні композитні матеріали у суднобудуванні»;