У академії постійно діють наукові гуртки для підвищення рівня наукової активності курсантів. Протягом 2025 року кількість наукових гуртків академії було збільшено до восьми:
«Актуальні проблеми соціально-гуманітарних наук»;
«Актуальні проблеми морського права та безпеки судноплавства»;
«Морські перевезення: економіка, управління, інновації»;
«Ship Automation»;
«Механічна інженерія в транспортних технологіях»;
«Ship electrical technical officer»;
«Ship electronic control systems»;
«Математика в житті та професії».
За 2025 рік у результаті плідної діяльності авторських колективів наукових гуртків було опубліковано 42 тези Міжнародних та Всеукраїнських конференцій, розроблено алгоритм та створено програму розрахунку канатної переправи, виготовлені еластичні моделі для візуалізації ефекту Бернуллі, подано 1 заявку на корисну модель.
